熒光定量PCR儀是一種用于分子生物學檢測的高靈敏度、高特異性的分析儀器。通過熒光染料或熒光標記的特異性探針,對PCR(聚合酶鏈式反應)產(chǎn)物進行標記和跟蹤,實時監(jiān)測反應過程中的熒光信號變化。在PCR反應體系中加入熒光基團,利用熒光信號積累實時監(jiān)測整個PCR進程。隨著反應循環(huán)數(shù)的增加,目標DNA的擴增會導致熒光信號的增強。通過檢測熒光信號的變化,可以繪制出熒光強度相對于循環(huán)數(shù)的擴增曲線,從而實現(xiàn)對靶DNA的定量分析。
熒光定量PCR儀的前期準備工作:
1、樣品準備
核酸提?。簭臉颖荆ㄈ缃M織、細胞、血液等)中提取DNA或RNA。提取過程中要嚴格按照相應的核酸提取試劑盒說明書操作,以確保核酸的純度和完整性。例如,使用柱式提取法時,要注意細胞裂解的充分性、結合條件的控制以及洗脫液的用量和溫度等因素。
樣品鑒定與定量:對提取的核酸進行質(zhì)量和濃度檢測。可以使用分光光度計測定核酸的濃度,通過A260/A280比值來判斷核酸的純度(純DNA或RNA的A260/A280比值一般在1.8-2.0之間)。同時,利用瓊脂糖凝膠電泳等方法來鑒定核酸的完整性,確保沒有明顯的降解。
稀釋樣品:根據(jù)熒光定量PCR的檢測范圍和樣品中目標核酸的濃度,將樣品稀釋到合適的濃度。如果樣品濃度過高,可能會導致PCR反應過早進入平臺期,影響定量結果的準確性;如果樣品濃度過低,則可能無法檢測到足夠的信號。
2、引物和探針設計
引物設計:根據(jù)目標基因的序列信息,設計特異性的引物。引物的長度一般在18-25個堿基對之間,GC含量在40%-60%之間。引物的3'端應避免連續(xù)的G或C,且不能有互補序列,以防止引物二聚體的形成??梢允褂脤I(yè)的引物設計軟件(如Primer3、OligoPerfect等)來進行設計,并通過BLAST等工具驗證引物的特異性。
探針設計(對于使用探針法的情況):熒光探針的設計要考慮其與目標序列的特異性結合和熒光標記的穩(wěn)定性。探針的長度通常在15-30個堿基之間,熒光基團和淬滅基團的選擇要根據(jù)儀器的檢測通道來確定。例如,常見的熒光基團有FAM(用于檢測綠色熒光)、VIC(用于檢測黃色熒光)等,淬滅基團有TAMRA、BHQ等。
3、試劑準備
PCR反應混合液:按照試劑盒說明書配制PCR反應混合液。一般包括緩沖液、dNTPs(三磷酸脫氧核苷)、引物、探針(如果使用)、Taq DNA聚合酶(或其他合適的DNA聚合酶)等。在配制過程中,要注意各種試劑的比例和添加順序,確?;旌暇鶆颉?/div>
模板添加:將稀釋后的樣品(DNA或RNA)加入到PCR反應混合液中。加入的體積要根據(jù)PCR反應體系的總體積和樣品濃度來確定,通常每管反應體系中加入1-5μL的樣品。